La Universidad San Francisco de Quito es una entidad privada, sin fines de lucro, fundamentada en las Artes Liberales, que busca formar líderes: personas innovadoras (que aceptan el cambio, lo fomentan y lo utilizan para crear una sociedad más justa y ecuánime), creativas (impulsadoras de nuevas ideas) y de carácter empresarial (que toman riesgos basados en el conocimiento y la sabiduría).

La misión de la universidad es formar a la persona, además de educarla e instruirla. Es decir, busca que la persona aprenda a diseñar el mapa de su vida, a ser el promotor de su proyecto vital. El sistema de aprendizaje está orientado a que los estudiantes tomen la responsabilidad de su aprendizaje. La universidad no prepara a nivel de pregrado especialistas sino generalistas especializados. A nivel de postgrado los programas tienen un contenido de Artes Liberales, además de la preparación de especialistas.